Anche in questo angolo solitario si ripercuotono le vicende del mondo. Col 1796 la rivoluzione francese arriva anche su queste montagne. Nel 1798 il Direttorio esecutivo decreta la soppressione di tutte le confraternite laicali e quindi anche quella della beata Vergine di Boccadirio. Si salva la chiesa perché fu dichiarata sussidiaria della parrocchiale di Baragazza.
Dopo la restaurazione e varie tempestose vicende, il 7gennaio 1925 la direzione e l'amministrazione del santuario di Boccadirio, viene presa dalla Curia Arcivescovile di Bologna, la quale nomina un suo amministratore e un sacerdote custode del santuario. Di questi benemeriti custodi ci limitiamo a segnalarne due: don Giuseppe Cangini, presente a Boccadirio dal 1907 al 1940 e don Vincenzo Chiusòli dal 1940 al 1946, lasciando ambedue esempio di grande fede e di zelo per le anime.
Il passaggio dell'uragano della seconda guerra mondiale, lascia la sua triste impronta anche in questo angolo remoto, sia negli edifici, tempio compreso, sia nei boschi dilaniati o dilapidati. Grazie alla Madonna non ci furono vittime umane. Nell'immediato dopo-guerra, l'Arcivescovo di Bologna card. Giovanni Battista Nasalli Rocca realizza un suo sogno: affidare il santuario ad un istituto religioso; e nel 1947 la Congregazione dei Sacerdoti del S. Cuore accogliendo i ripetuti inviti del venerato Pastore, assume la gestione del santuario, inviando i suoi religiosi in un ambiente e in un campo che, se può dare gioie e soddisfazioni spirituali, esige però anche tanta dedizione e generosità.